1972年9月29日，中日两国签署《日本国政府和中华人民共和国政府联合声明》，实现邦交正常化，正式建立大使级外交关系。现在的日本驻华大使馆位于北京市朝阳区亮马桥东街1号。
日本驻华大使馆图书室
但建交之初，日本驻华大使馆设在第一使馆区（建国门外日坛路7号）。后来，随着中日交往越来越密切，馆舍便越发紧张。2006年，日本在第三使馆区美国大使馆附近选了一块地建设新馆，新大使馆地上6层，地下1层，总建筑面积12000平方米，造价高达72亿日元（当时约合6亿元人民币，现在约合4亿人民币）。日本驻华新大使馆于2011年7月竣工，不过，因新建大使馆占地面积超过了最初的申请面积，未能通过中国有关部门的审核，所以迟迟没有启用。
日本驻华大使馆新馆位置图
另外，日本在北京开工建设新馆之后不久，中国也在日本东京麻布投标竞得了5700平方米的土地，准备用来修建驻日大使官邸，但遭到日本外务政务官滨田和幸等人的反对未获建设许可；2009年，中国准备在冲绳县建设领事馆，日本政府没有同意；2011年，中国打算扩大驻新潟和名古屋领事馆，同样遭到议会议员的阻挠而被搁置。如今日本在北京的新大使馆已经顺利完工，而中国驻日使领馆建设搬迁问题却一直毫无进展。中方希望日本方面信守承诺，根据国际法要求，多做具体的推进工作，为中国在日本的使领馆建设提供必要协助和便利
2012年1月19日，日本外务省向中国提交书面承诺表示：“日本政府将基于国际法和国内法范围，协助中国在东京建设大使官邸、在新潟等地扩建领事馆的计划”，两天之后，也就是2012年1月21日，中国外交部同意了日本驻华大使馆迁往新址。
中日自建交以来，两国关系取得了长足的发展，但也并非一帆风顺。2021年，中日在面临国际国内经济环境诸多不利因素挑战的情况下，经贸合作仍稳步发展，两国货物贸易总额达23500亿元，创造了历史新高。
日本驻广州总领事馆（广州市环市东路368号花园酒店花园大厦二楼）
由于中日经贸往来频繁，日本在我国上海、广州、沈阳、重庆、青岛和香港设有总领馆，另外在大连还设有一个领事办公室。
日本驻上海总领事馆（ 上海市长宁区万山路8号）
日本驻重庆总领事馆（渝中区民族路188号环球金融中心42层）
日本驻青岛总领事馆（青岛市香港中路59号青岛国际金融中心45F）
日本驻香港总领事馆（香港中环康乐广场8号交易广场第一座46-47F)
日本驻沈阳总领事馆（沈阳市和平区十四纬路50号）
日本驻大连领事办公室（大连市西岗区中山路147号 申贸大厦3F）
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