微量元素肥料有固体和液体两种，施用方法很多，根据不同的条件和目的，可作基肥、种肥或追肥。施用时可直接施入土壤，也可进行种子处理（浸种、拌种）、叶面喷施或蘸秧根。
土壤施肥
即做基肥、种肥或追肥时把微量元素肥料施入土壤。这种施法虽然肥料的利用率较低，但有一定的后效。含微量元素的工业废弃物和缓效性微肥常采用这种施肥方法。
种子处理
包括浸种和拌种两种方法。浸种时将种子浸入微量元素溶液中，种子吸收溶液而膨胀，肥料随水进入。常用的浓度是0.01%-0.1%，时间是12-24小时。拌种是用少量水将微量元素肥料溶解，将溶液喷洒于种子上，搅拌均匀，使种子外面沾上溶液后阴干播种，一般每千克种子用2-6克肥料。
叶面喷施
叶面喷施微肥是经济、有效施用微肥的方法。固体微肥常用的浓度为0.01%~0.1%，具体用量和喷洒次数应随微肥种类、作物种类、植株大小等而定。液体微肥的稀释倍 数以产品使用说明为准。
蘸秧根
作物对微量元素的需要量很小，微肥的施用量取决与作物的需要量。对微量元素的施用必须遵循适时、适量和施用均匀的原则，切不可过量使用。微肥如果使用不当，不仅不能增产，甚至会危害作物，污染土壤，给农业生产造成不应有的损失。在施用微量元素肥料时应注意以下几个问题：
1、注意施用量及浓度：作物对微量元素的需要量很少，而且从适量到过量的范围很窄，因此要防止微肥用量过大。土壤施用时还必须施得均匀，浓度要保证适宜，否则会引起植物中毒，污染土壤与环境，甚至进入食物链，有碍人畜健康。
2、注意改善土壤环境条件：微量元素的缺乏，往往不是因为土壤中微量元素含量低，而是其有效性低，通过调节土壤条件，如土壤酸碱度、氧化还原性、土壤质地、有机质含量、土壤含水量等，可以有效地改善土壤的微量元素营养条件。
3、注意与大量元素肥料配合施用：微量元素和N、P、K等营养元素都是同等重要不可代替的，只有在满足了植物对大量元素需要的前提下，施用微量元素肥料才能充分发挥肥效，才能表现出明显的增产效果。
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